《相棒：剧场版》秉承原剧的一贯特色，右京的推理力配合上薰的行动力，将应对前所未有的狡猾罪犯，共同拯救三万名无辜市民。东京郊外电视塔下发现一具男尸，死者是原人气新闻播报员伸岛孝臣，现场留下了一个神秘的记号“6”。警视厅的杉下右京和龟山薰受命保护众议院议员片山雏子。雏子遭遇爆炸，所幸安然渡过了危险，事发地点又有一个记号：“d4”。右京和薰在会员制网站SNS中发现一个名为“处决名单”的留言板，仲岛孝臣、片山雏子都在名单上。不仅如此，两周前死于交通事故的来事故的来生检察官也榜上有名，事故现场留有“e4”的记号。右京认为这是一连串有计划的连续杀人案，记号与下棋有关。搜查一课的调查陷入瓶颈。右京找到“处决名单”留言板管理人的EMAIL地址，给他发了封信，竟意外地收到了回信。隐藏在暗处的罪犯和孤注一掷的警方展开了一场智斗……